三天后，自由贸易联盟获得消息，远星城自毁，封住了血林走廊的出口，与感染者同归于尽。遴选城对远星704进行了盛大的全城追悼，并将704的商会成员与佣兵部队追封为英雄，以纪念他们为了自由贸易联盟安全所作出的贡献。然而有许多流言在私下里流传，称远星704的覆灭远非表面上这么简单。感染潮爆发的那天晚上，还有不为人知的真相存在……
在拉扎罗夫融合母体细胞复生时，方舟科技会同步监测到母体病毒复苏的波段。为了进一步追踪这个母体波段，科技会的部分成员离开方舟重返旧大陆，并联系上西陆的“自由贸易自由贸易联盟”。面对科技会同步的情报，自由贸易联盟也意识到其中潜藏的巨大危机，双方迅速达成协议：遴选城帮助科技会在大陆进行探索，作为交换，科技会为自由贸易联盟提供科技防御支持。
进驻遴选城的科技会，第一件事就是指派泰勒斯对圣托帕尼感染事件展开正式调查，被委托的商队幸存者在海岛实验室带回了帝国的样本。
经过方舟科技会与自由自由贸易自由贸易联盟的一番调查，双方锁定了波动新的定位——多贝雪山的实验室。为了不惊动帝国，双方以寻找植物耐寒性研究资料的名义进入多贝雪山，搜寻被帝国带走的拉扎罗夫。
然而帝国已先行一步，在多贝雪山上建立了军工厂和驻军营地，还在山道上布设了大量防御设施与关卡。科技会与商队成员正面遭遇帝国的军队，
双方发生武力冲突。交火中，拉扎罗夫意外苏醒，母体与感染者的共鸣引发了雪山恐怖的感染潮爆发。
此后，三方势力均失去了雪山现场的消息。自由贸易联盟第一时间派遣了搜救队伍，却只在野外找到一个古怪的幸存者。他自称叫梅西耶，并且失去了此前的所有记忆。
搜救队将他送回了101驻地，并由科技会成员接手。他们试图以梅西耶为突破口，弄清楚多贝雪山的灾变，以及母体病毒的去向。
由于这个期间帝国与自由贸易自由贸易联盟的不断冲突，以及实验室的多次实验失败，使得帝国内部产生矛盾。当初支持秋山真之的戈德曼家族，对灾后新世界的安全与生活更为关注，
并不同意秋山真之耗费资源对母体的剿灭行动。而自由贸易自由贸易联盟提供的“安全”“富足”的许诺，也造成了帝国内部间隙的加深。帝国内部出现了越来越多反对秋山真之的情绪和声音。
在帝国内部不稳之际，遴选城下达了一个日常护送任务，让101驻地接应一个货物车队。
然而车队在途中被不明来历的武装人士伏击，101驻地的商队与佣兵得知消息后立即组织出城搜寻。商队在科技会的协助下很快发现了劫匪踪迹。搜寻队伍一路循着踪迹来到沙石堡。
就在商队准备夺取货物的时候，遭到了一群感染者的袭击。商队消灭威胁后，却发现大量货物已被转移，只在沙石堡的据点内找到一屋子被注射镇定剂的俘虏。
搜寻队把俘虏带回了101驻地，然而在对俘虏信息进行核对后发现，这群俘虏皆为帝国辖区居民，其中还有帝国元首秋山真之的妹妹：秋山光！
101驻地的市长贾斯汀嗅到阴谋的味道，预感101驻地将遭受灭顶之灾。为此，他特意安排商队幸存者前去安抚秋山光，避免不必要的争端与误解，
并主动联系帝国示好，声称解救了秋山光，并愿意将她护送回帝国。
704的幽灵
由于远星704自毁、阻断了血林走廊，101驻地的护送行动只能横跨宝冠山脉、沿坠星海进入北陆。商会领袖之一卢卡斯作为自由贸易联盟代表，与贾斯汀一同护送秋山光前往北陆。
然而即将到达交接仪式地点附近时，护送队伍却又遭遇了感染者袭击，护送队伍被冲散。危急时刻，贾斯汀与秋山光被一群自称“远星704”势力的武装力量搭救。这些人放走了贾斯汀，贾斯汀立刻赶去与卢卡斯汇合。帝国辖区莫名出现的感染者、死而复生的“远星704”幽灵……这些线索组合起来，让贾斯汀深觉此事背后酝酿着巨大阴谋。与卢卡斯汇合后，贾斯汀逼问卢卡斯这一切的缘由，却被卢卡斯的佣兵敲晕。
卢卡斯将贾斯汀的队伍关押，自己亲自带秋山光与帝国会面。在与帝国的会面时，贾斯汀和他所带的人员已悉数被卢卡斯关押。他敏锐发现，看守自己等人的佣兵并非来自101驻地的人。他意识到，101驻地的人大概率已经被远星704的人替换，恐要对会面不利。为此，贾斯汀找准机会、秘密联合部下进行了突围，并赶到了交接仪式现场。此时，埋伏在卢卡斯身边的远星704战士正举枪射击秋山光，帝国军队立即展开还击、双方阵营顿时大乱！贾斯汀只来得及匆忙救下卢卡斯，带着剩余部队逃回101驻地。
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