严天凤见其他方法无效，一咬牙，下令蚁附攻城。
仗打得激烈，明军眼看就要攻破番禺城，曹志建弟弟曹四，从南海城拼死杀出，救了番禺。
严天凤见两城一时难下，下令围城。又分兵攻取各县。
曹军主力尽在二城，其余各县守军很少。
明军很快攻克了新宁、香山、新会、清远、从化、增城各县；东莞、龙门、宝安、连州（领本辖及阳山、连山两县）投降。
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“大哥，明军已攻克广州各县，吾军现在只余南海、番禺二城。如何是好？”曹四十分担心。
曹志建安慰弟弟：“小弟别急，再坚持几天。清国的大军马上就要伐明了，到时候吾等就可以脱险了”。
曹四急了：“大哥！难道您想投降鞑子？您忘了咱家跟鞑子的血海深仇了吗？”
曹志建和曹四本来都是沧州军户，清军攻破沧州时，家人殁于王事者九十三人。他们和鞑子有深仇大恨。
曹志建长叹一声：“孔有徳、尚可喜、耿仲明，他们哪个和鞑子没仇?最后不都降了鞑子吗？形势逼人啊！”
曹四火了：“要去汝去，吾宁可战死也不降鞑子”。
曹志建急忙安慰：“小弟勿急。等清军来了，吾二人趁明、清大战的时候，逃往镇峡关。那一带地形险峻，背靠瑶僮。到时候吾兄弟二人占山为王，自由自在！”
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严天凤、杨怀正拿南海、番禺二城没办法时，忽报水师已经攻下了蕉门、虎门炮台，沿粤江直抵广州。
严天凤大喜。他知道孙贵的船队可有一种宝贝：三千斤重的红夷大炮。
朱亨嘉给孙贵的水师添了六艘千料新型夹板大福船，每艘除十六门千斤佛朗机炮处，还有四门三千斤红夷大炮。总共二十门巨炮。
这种巨炮，用于攻城、海战是把好手，但是体型巨大、运输不便。要是从陆路运输，至少好几个月。从水道过来，却便捷得很。
严天凤急忙令孙贵把巨炮从战舰上卸下来，准备了大量驮马，终于将巨炮运至番禺城下。
严天凤令集中炮轰番禺，两日后轰塌城墙一角，城破，曹军大将汪大捷阵亡。
最后的血战在南海城爆发。
炮声隆隆，三日后南海城破，曹志建、曹四均战死。
严天凤拿下广州不久，即传来消息：清军金声恒部攻下了赣州；清军李成栋部攻下潮州、惠州，逼近广州；南雄府降清。
严天凤急令杨怀部进驻韶州府英德县，沿连州、阳山、英德之间的湟水（即现在的广东连江）布防；自己亲领大军在广州佛冈、龙门七星冈、罗浮山一线依险布防；东莞、新安、南海卫一带，交由林察、孙贵的水师布防。
严阵以待，静候李成栋。
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朱亨嘉得知严天凤已经攻下了广州和韶州部分地区后，十分高兴。
他下令封严天凤为平东侯、杨怀为忠勇侯、林察为辅明侯、孙贵为定海侯，其余诸将皆有封赏。
又令思恩游击袁来朝领兵四千增援严天凤。
为了筹措战争经费，朱亨嘉下令增设雷州府海康所海关、肇庆府阳江海关；又下令户部海关司接管广州府澳门海关。
自嘉靖三十二年，佛朗机人进入和租居澳门后，大明朝一直设有澳门海关，收取关税。不过以前的海关是由广东布政使司下面的广东市舶司和香山县共同管理的。朱亨嘉觉得海关十分重要，取消了各地的市舶司，由户部直接设海关司，各海关设海关分司，垂直管理。
为了让广西拥有出海口，朱亨嘉下令把廉州府划入广西，改孙贵为广西水师总兵，改林察为广东水师总兵。
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