在彻底坐稳了皇位之后，忽必烈便开始着手进行改革，早在他于开平即位的诏书里，就曾提出过“祖述变通”这一建政纲领。
但改革谈何容易，作为一个以少数征服多数，以落后征服先进的民族，如果想要保证绝对的统治，那么最重要的一点就是要保证本民族的阶级特权，而且在保证特权的同时，还要利用民族与民族之间的差异与隔阂来平衡统治阶级下各民族的关系，这之间的度不是谁都能把握好的。
忽必烈非常想推行汉法，但他也知道，汉法是把双刃剑，施行汉法固然可以让国家实力更上一层楼，但过度的‘汉化’也会使自己的统治地位受到严重威胁。
因此，既要保护蒙古贵族的实际利益，又要行汉法的同时还得防止汉化，是摆在忽必烈面前的一个大问题。
经过了一番冥思苦想，再加上借鉴了金朝时的一些做法，忽必烈最终推出了三条全新的制度：
第一是保留了蒙古旧制中的斡尔朵制度、怯薛制度等，以此来保证了蒙古贵族的特权利益。
第二是在某些领域或者地区，实行蒙古制与汉制并行的策略，比如说宫廷的礼仪、婚丧嫁娶的礼制、百姓穿着的服饰样式以及颜色等等。
第三则是完全效仿中原王朝的制度所建立的机构与法令，比如设置中书省、枢密院，或者是前文中的诸路盐课税使等等，但在这些官员的任命上，却依然以蒙古人或色目人为正职，汉人大多担任副职。
公元1264年12月18日，忽必烈将国号由“大蒙古国”改为“大元”，正式迈出了施行汉法的第一步。
早在更改国号前一年，忽必烈便将开平升为上都，作为驻夏的纳钵（行营的意思）。
1264年八月，忽必烈下诏将燕京恢复金朝时中都之名，准备开始在此建都。
为了快速恢复因连年征战而衰弱的国力，忽必烈也做出了很多应对的举措，首先他下令禁止军人及权阀贵胄人家侵害桑稼；不许各路军马、使臣入州城、村居、镇市，防止他们扰及良民；对于已经被军队抢占为牧场的民田，他责令这些人限期退牧还耕，还让兀良合台之子阿术担任蒙古军的惩戒官，专门负责监督各路军马是否有夺取民田为牧场的事情。
除此之外，忽必烈又重新制定了地方官员的晋升机制，规定县官“以五事考较而为升殿：户口增、田野辟、词讼简、盗贼息、赋役平”，其中五事都达标者优先提拔，完成其中三项的为中选，五件事都没完成的直接罢黜。
除此之外，忽必烈还下令在全国实行屯田制度，用来充实国库，为以后的大战积累军粮，而且这次屯田不仅针对在四川、江淮等前线以及京畿地区的汉军，漠北与中亚等地的蒙古军同样也要屯田。
但正所谓有人的地方就有江湖，忽必烈为了巩固自己的统治，极力加强了民族特权，使得蒙古贵族在朝堂之中占据了几乎全部的正职，但因为他大力推行汉法的缘故，行政实权却基本都掌握在以汉人为主的官僚集团之中。
但汉人之中也并不是铁板一块，因为学派观点与政治观念的不同，他们之间的矛盾也非常深，甚至凌驾于民族矛盾之上。
在忽必烈于开平即位之时，对他起到最重要作用的其实并不是刘秉忠与姚枢这些老臣，而是王文统，也就是李璮的岳父。
此人能够发迹，说起来还跟贾似道有点关系，在忽必烈当年围攻鄂州时，曾经面对着他的栅栏战术发出过“吾安得如似道者用之”的感叹，刘秉忠、张易和廉希宪等人趁势便向忽必烈推荐了王文统，说此人才智堪用，后来在忽必烈北归开平之后，立即便召其前来，二人经过一番面谈，大有相见恨晚之感，于是忽必烈便十分重视他，在初建中书省时，第一个便将他提拔为平章政事，由此可见对他的宠信。
而王文统此人也确实有真本事，忽必烈登基之后发出的一系列指令，如成立十路宣抚司，颁布诸多政律条款，于颍州、涟水等地设立互市等措施，皆是出自他手，史称“元之立国，其规模法度，世谓出文统之功为多”。
但王文统此人也有一个缺点，就是专权。
专权到什么程度呢？在中书省刚成立时，张文谦担任左丞，此人素来以安国利民为己任，所以在很多观点上都与王文统不合，王文统便总是找机会在忽必烈面前说他的坏话，最终在他的撺掇之下，张文谦以左丞之职行大名等路宣抚司事，就此离开了中书省。
值得一提的是，张文谦也是被刘秉忠推荐给忽必烈的，所以在派系上来看，他们其实相当于是盟友。
对盟友尚且如此，对其他人可想而知。
可他的所作所为就使得信奉“程朱理学”的姚枢、窦默以及许衡等一众大儒十分不满，他们认为圣人所训应当是崇尚义理而鄙薄功利，王文统如此功利自任，与圣人所言相去甚远。
其中反应最激烈的便是窦默，他曾对忽必烈上疏道：“平治天下，必用正人端士。唇吻小人一时功利之说，必不能定立国家基本，为子孙久远之计。其卖利献勤、乞怜取宠者，使不得行其志，斯可矣。若夫钩距揣摩，以利害惊动人主之意者，无他，意在摈斥诸贤，独执政柄耳！此苏、张之流也，惟陛下察之。伏望别选公明有道之士，授以重任，则天下幸甚。”
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