王仙芝见了黄巢，大喜，寒暄已毕，任命黄巢为大将军、兼海内诸豪副都统，在草军中地位仅次于王仙芝，排在所有将军之上。
王仙芝、黄巢乃合兵攻曹州。曹州守将曹茂，出城迎战，高声叫道：“吾乃上将曹茂也！何处草贼，还不快降！”
王仙芝环顾左右道：“兄弟们，谁与俺斩之？”
身后早闪出一员大将，拨马上前。其人身高九尺，面色金黄，虽然坐在马上，也显得高人一头，身穿金色盔甲，红色战袍，端的是威风凛凛，正是黄巢，高声叫道：“俺乃冤句黄巢！今日必取你性命！”遂拍马舞枪，直取曹茂。
二人战约十数合，黄巢一枪刺中曹茂肩头，将他挑落马下，再一枪，结果其性命。
后人有诗，独赞黄巢曰：
锋芒毕露在今朝，英雄马上初试刀。初出便将曹茂斩，乱唐将来看黄巢。
官军失了主将，皆落荒而逃，被俘、被杀者数百人。
王仙芝遂挥军进入曹州，打开官仓放粮。曹州百姓又有数千人参军。
此时草军已经一万多人，成分复杂，素质参差不齐，有江湖好汉，也有江洋大盗；有热血青年，也有老油条，鱼龙混杂，有很多士兵军纪败坏，欺凌百姓。
黄巢对王仙芝说：“乌合之众，难成大器。欲成大事，我草军应该仿照唐朝正规军的编制进行整顿，严明军纪，严禁私自抢夺，严禁奸淫妇女，严禁欺凌百姓；劫富济贫，爱护穷苦百姓，也要给财主留活路，夺取他财物，不超过一半。对商户只按章收税，不抢劫货物，不打砸店铺。我草军服装也要正规化，不能像平常贼寇，但要与唐军颜色不同。”
王仙芝连声称赞。于是黄巢与尚君长、尚让兄弟协商，参考唐军规范，编练草军。
先将一万多部众，在曹州校场操练、比试，筛选出九千精兵，每五人为一伍，设伍长；每五十人为一队，设队正、队副；每五百人为一营，设营正、营副；每一千人为一都，设都将、都尉；每三千人为一军，设将军、副将。每军设五个步兵营、一个弓箭营。
如此一万余人共编成三个军。营正以上，设多几位副官，便于将来扩军时有充足的指挥人员。将来兵员扩充，必须新、老兵混合，每伍都必须有老兵带新兵。
其余年老、年少、体弱的，淘汰了一多半，只留下体力好一些的三千多人，编成辎重军，负责筹集、运送粮草，制作军旗、军装、棉被、铠甲、帐篷，打造兵器、攻城器械等事项。
又制定军纪十条，编成歌曲，教士兵唱诵，务要牢记。
草军以王仙芝为大都统、大将军；黄巢为副都统，上将军；尚君长为军师，尚让为行军司马；
曹师雄、柳彦璋、王重隐、李重霸为将军，各领一军；
李罕之、蔡温球、楚彦威、毕师铎、訾亮、丁会、邓天王、孟楷、葛从周等为副将，协助各位将军领兵。从此日日操练兵马。
此时各处帮派、土匪毛贼，纷纷起兵响应。有些盗贼，不远千里，派使者来与草军联合，互相呼应，共同作战。自山东、河南、淮南到江南，烽烟四起，到处鸡犬不宁。
新任天平节度使薛崇，听说曹州匪情严重，发兵五千，来曹州征剿草军。
之前草军能迅速攻占长垣县、濮州、冤句县、曹州，面对的都只是各州县的小股州县军，还是以团练为主；而草军在暗处，扮作老百姓混入城中，敌人根本难以防备。
这次不同了，是唐朝第一次由节度使率领正规军来战，况且这天平军都是由名将高骈一手调教出来的精兵，多次南征北战，与党项、南诏、吐蕃等作过战，还讨伐过庞勋兵变，绝非善类。
当下王仙芝不敢怠慢，与副都统黄巢、军师尚君长一起商议军情。
黄巢道：“大将军不必担心。这个薛崇，没什么本领。当年小弟我参加武科举，认识这位薛大帅，没什么文韬武略，勉强及第而已。只因善于溜须拍马，搜刮民脂民膏，才得以高升。待会儿我必将他杀得落荒而逃！”
王仙芝乃统领全军精锐出城作战。两军对圆，唐军帅旗飘扬处，一员中年唐将，身材已经发福，一身华丽的战袍，铠甲鲜明，胯下一匹汗血宝马，正是天平节度使薛崇。
薛崇上前大喝一声：“我乃大唐天平节度使薛崇是也！对面蟊贼速速下马投降，饶你们不死！否则，大军所到之处，踏为肉酱！”
黄巢拨马上前，骂道：“薛崇狗官！还识得黄巢否！还不下马投降，免伤性命！”
薛崇一楞，道：“果然是黄巢！听说你也反了，本帅还没证实，你这个逆贼，胆大包天，倒敢来见我！赶快归顺本帅，本帅禀明朝廷，保举你做我的副帅，如何？”
黄巢道：“你横征暴敛，鱼肉百姓，死有余辜！我等草军，替天行道，除暴安良，你若识相，归降与我，可保你全家性命，否则，早晚有一天，我草军踏平郓州，将你狗头，悬挂在郓州城门之上！”
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