但司马元显心里很明白，桓玄的野心绝不满足于割据长江上游三个州，如果自己拿不出有效的反制裁措施，很快桓玄会学着桓温顺流而下，窥探皇位。
迫在眉睫的危机感，压得司马元显喘息困难，坐卧不宁。
他身边的谋主张法顺提议，趁桓玄刚刚占据三郡，根基未牢，应兴兵讨伐，以刘牢之的北府军为先锋，自己率军垫后。
司马元显深以为然，跟他想到一块儿了，于是派张法顺前往京口，拜会刘牢之，先探探他的口风。
几日后，张法顺返回建康，对司马元显说，刘牢之面有难色，支支吾吾，恐与朝廷不是一心，不如召入建康面圣，趁机杀了他，以绝后患。
司马元显没有采纳他的建议，因为刘牢之死了，恐怕没人能镇得住北府军，即便是刘牢之不听我的话讨伐桓玄，但圣旨他不能不听吧。
恰在此时，不甘心附逆的武昌太守庾楷派人送来密信，他担心自己夹在荆州和朝廷之间，殃及池鱼，决定向朝廷靠拢，信中说朝廷一旦征讨桓玄，自己可做内应。
武昌乃长江中游重镇，这就更坚定了司马元显西征桓玄的决心。
元兴元年（公元402年），大年初一。
当建康城的百姓们还沉浸在新年的喜庆气氛中时，一道诏书从宫城中传出。
诏书为《讨桓玄檄》：
逆臣桓玄，凌虐人鬼，阻兵荆郢，肆暴都邑。
天未亡难，凶力繁兴，……
自玄篡逆，于今历年，……
仰观天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡！
历数荆州刺史桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、假黄钺，都督青、徐、兖、豫、扬等十八州诸军事。
再任命镇北将军刘牢之为为前锋都督，任命后将军谯王司马尚之统率后卫部队。
又下令大赦天下，建康城内外戒严，任命会稽王司马道子为太傅。
上一年，谢琰和刘牢之共同剿杀天师道的孙恩叛贼，虽然谢琰战死，但也最终已经平定。
新年伊始，司马元显打算借此机会把桓氏家族的人全部诛灭。
但他没有准确的判断朝廷实力。
三年征战孙恩天师道反贼使建康及以东诸郡县民众家破人亡，流离失所，饿殍遍野。
连朝廷文武百官都发不出工资薪水，这个时候出兵，粮草饷银从何而来，更何况孙恩虽然暂时跑回海岛，但东南沿海的天师道影响尚存。
如果朝廷大军西征，天师道死灰复燃，谁来御敌？
最后就是朝廷兵力远逊于荆州兵马，第一猛男刘牢之态度暧昧，遮遮掩掩。
但司马元显一意孤行，铁了心要跟桓玄决一胜负。
司马元显的水师舰队还没有启程，荆州的桓玄已经得到了消息。
他的堂兄桓石生在司马道子的府里担任长史，一得到消息就派人去密报了。
桓玄接到消息后，吓了一大跳，他本以为朝廷刚刚用了近三年时光平定孙恩之乱，人困马乏，不成想司马元显会选择与自己死磕到底，而且朝廷派遣了所有精锐前来，北府军为先锋，不禁心生惧意。
荆州长史，最重要的谋士卞范之进谏道：“桓公英明早已威震天下，司马元显乃一黄口小儿，刘牢之有勇无谋，更不懂朝廷政治风向，可加以利诱劝降。如果我们顺流而下，朝廷的抵抗必将土崩瓦解。”
卞范之的话令桓玄打消了疑虑，他命五哥桓伟镇守江陵，自己统帅七万大军东下迎击朝廷水师。
离建康越来越近，桓玄就越想越后怕，怀里像揣着一个小兔子似的，忐忑不安。
一个月后，荆州大军过了浔阳郡竟然没遇到朝廷的一兵一卒，反而接到了朝堂使者，齐王司马柔之送来的驺虞幡（驺虞乃上古神兽，从不杀生，魏晋时期这个旗帜象征着止戈息战，和平的意思）。
这说明朝廷心虚胆寒了，桓玄可算明白了，自己胆小，司马元显比自己还要胆小，他只不过是个虚张声势的纸老虎。
于是桓玄下令把司马柔之拖出去砍了祭旗，荆州军士气大涨。
这时好消息一个接一个的传来，不但是桓石生，桓谦、桓修都在朝中任职，密信一封接一封。
征讨大都督司马元显在皇帝司马德宗亲自赐酒壮行出征后，船队在石头城并未发兵。
另一封密信是揪出了武昌太守庾楷这个内鬼，于是，桓玄派人去捉拿庾楷，但庾楷抢先一步跑回了建康。
过了姑熟的长江江面是一路向东北延伸，摆在荆州大军舰队面前的是西岸的司马休之和东岸的司马尚之兄弟俩，正前方是冽州（魏晋时期长江中的沙洲）的刘牢之北府军。
桓玄不惧司马尚之兄弟俩，但忌惮刘牢之，于是修书一封，派自己麾下的何穆，刘牢之的族舅前往冽州送于刘牢之。
刘牢之其实已经犹豫很久了，此次的行动就像当年跟王恭“清君侧”一样，慢慢吞吞，不情不愿。
一来镇压孙恩之乱三年了，北府军人困马乏。
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