刘牢之从山阴率军前来截击孙恩，还没赶到，孙恩已经过境，于是派刘裕从海盐率军进京增援。刘裕兵力不足一千人，日夜兼程赶路，和孙恩同时抵达丹徒。刘裕军队人数本就稀少，加上长途跋涉疲惫不堪，而丹徒的守军毫无斗志。孙恩率领部众击鼓呐喊，登上蒜山，当地百姓都挑着担子准备逃跑。刘裕率领部下奋勇出击，大败孙恩军队，叛军坠入悬崖、跳进水中淹死的人很多，孙恩狼狈不堪，仅能逃回船上。但孙恩仍依仗自己人多，不久后又整顿军队径直向京师进军。后将军司马元显率军抵抗，多次战败。会稽王司马道子没有其他谋略，只能每天去蒋侯庙祈祷。孙恩的军队越来越近，百姓惊恐不安。谯王司马尚之率领精锐部队火速赶到，直接屯兵积弩堂。孙恩的战船高大，逆着风向无法快速前进，几天后才抵达白石。孙恩原本以为朝廷各路军队分散部署，想趁其不备发动突袭；后来得知司马尚之已在京城，又听说刘牢之已经回军，抵达新洲，便不敢继续前进，转而从海上向北逃往郁洲。孙恩的部将攻陷广陵，杀死三千人。宁朔将军高雅之在郁洲攻打孙恩，被孙恩俘获。
桓玄整顿军队、训练士兵，一直伺机等待朝廷出现可乘之机，听说孙恩逼近京师，便竖起将旗召集部众，上奏请求讨伐孙恩。司马元显十分恐惧。恰逢孙恩撤退，司马元显用诏书阻止桓玄进军，桓玄才解除戒严。
梁中庸等人共同推举沮渠蒙逊为大都督、大将军、凉州牧、张掖公，在他的辖境内实行大赦，改年号为永安。沮渠蒙逊任命堂兄沮渠伏奴为张掖太守、和平侯，弟弟沮渠挐为建忠将军、都谷侯，田昂为西郡太守，臧莫孩为辅国将军，房晷、梁中庸分别为左、右长史，张骘、谢正礼分别为左、右司马。他提拔任用有才能的人，文武官员都十分喜悦。
河西王秃发利鹿孤命令大臣们畅所欲言，指出朝政的得失。西曹从事史暠说：“陛下派遣将领出征，每次都能获胜。但您不把安抚百姓、稳定地方放在首位，只把迁徙百姓当作要务；百姓安于故土、不愿迁移，所以很多人逃离叛乱，这就是您能斩杀敌将、攻克城池，却不能扩大领土的原因。”秃发利鹿孤认为他说得很对。
秋季七月，北魏兖州刺史长孙肥率领两万步兵、骑兵向南攻取许昌，向东推进到彭城，东晋将军刘该向他投降。
后秦陇西公姚硕德从金城渡过黄河，径直向广武进军，河西王秃发利鹿孤调集广武的守军撤退，避开秦军锋芒。秦军抵达姑臧，后凉王吕隆派遣辅国大将军吕超、龙骧将军吕邈等人迎战，姚硕德大败后凉军队，活捉吕邈，斩杀、俘虏的敌军数以万计。吕隆环城固守，巴西公吕佗率领东苑的两万五千部众向秦军投降。西凉公李暠、河西王秃发利鹿孤、沮渠蒙逊分别派遣使者呈上奏表，向后秦进贡。
当初，后凉将领姜纪向河西王秃发利鹿孤投降，广武公秃发傉檀和他讨论军事谋略，对他十分赏识器重，坐着时同席而坐，出行时同车而乘，每次谈论都从白天持续到夜晚。秃发利鹿孤对秃发傉檀说：“姜纪确实有出色的才能，但他的神情举止异于常人，一定不会长久留在这里，不如杀了他。如果姜纪投奔后秦，必定会成为我们的祸患。”秃发傉檀说：“我以平民的交情对待姜纪，他一定不会背叛我。”八月，姜纪率领几十名骑兵投奔秦军，劝姚硕德说：“吕隆据守孤城，没有外援，明公您率领大军兵临城下，他势必会请求投降；但他只会表面投降，不会真心归顺。请给我三千步兵、骑兵，我和王松匆凭借焦朗、华纯的部众，趁他防备松懈时发动突袭，攻取吕隆不成问题。否则，如今秃发利鹿孤在南边，兵力强盛、国家富裕，若他兼并姑臧并占据此地，威势会更盛，沮渠蒙逊、李暠无法抗衡，一定会归附他，这样一来，秃发氏就会成为国家的大敌人。”姚硕德于是上奏举荐姜纪为武威太守，配给他两千士兵，让他驻守晏然。
后秦王姚兴听说杨桓贤能，征召他入朝，秃发利鹿孤不敢挽留。
此时，东晋朝廷下诏任命刘裕为下邳太守，命他去郁洲讨伐孙恩，刘裕多次作战，大败孙恩军队。孙恩从此势力衰弱，又沿着海岸向南逃跑，刘裕也率军追击截击。
后燕王慕容盛吸取父亲慕容宝因懦弱丢失国家的教训，致力于施行严厉的刑罚，又自恃聪明洞察，猜忌心很重，大臣们只要有细微的嫌疑，都会先被处死。因此皇室宗亲、有功旧臣，人人都无法自保。丁亥日，左将军慕容国与殿上将军秦舆、段赞谋划率领禁兵袭击慕容盛，事情败露，被处死的有五百多人。壬辰日夜，前将军段玑与秦舆的儿子秦兴、段赞的儿子段泰，在宫中秘密发动叛乱，击鼓呐喊。慕容盛得知变故，率领身边侍卫出战，叛军逃散溃败。段玑受伤，躲藏在厢房之中。不久后，一名叛军从暗处袭击慕容盛，慕容盛受伤，被抬到前殿，他向禁卫部队申明纪律约束，叛乱平定后便去世了。
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