垂拱三年，公元687年春季，闰正月丁卯日，朝廷册封皇子李成美为恒王，李隆基为楚王，李隆范为卫王，李隆业为赵王。
二月丙辰日，突厥首领骨笃禄等人进犯昌平，朝廷命令左鹰扬大将军黑齿常之率领各路军马前往征讨。
三月乙丑日，纳言韦思谦以太中大夫的身份退休。
夏季四月，朝廷任命苏良嗣留守西京长安。当时尚方监裴匪躬负责查核京郊皇家园林，打算卖掉园中的蔬菜水果来谋取利润。苏良嗣说：“从前公仪休担任鲁国宰相时，尚且能拔掉自家菜园里的葵菜、赶走织布的妻子，从没听说过身为万乘之尊的君主还要卖蔬菜水果牟利的。”于是阻止了这件事。
壬戌日，裴居道被任命为纳言。五月丙寅日，夏官侍郎、京兆人张光辅担任凤阁侍郎、同平章事。
凤阁侍郎、同凤阁鸾台三品刘祎之私下对凤阁舍人、永年人贾大隐说：“太后既然已经废黜昏君、拥立明君，何必还要临朝称制呢！不如交还政权，以安定天下人心。”贾大隐秘密将这番话上奏给太后，太后听后很不高兴，对身边的人说：“刘祎之是我一手提拔起来的，竟然还背叛我！”有人趁机诬告刘祎之收受归诚州都督孙万荣的钱财，又与许敬宗的小妾有私情，太后命令肃州刺史王本立审理此案。王本立宣读太后的敕令给刘祎之看，刘祎之说：“敕令不经过凤阁、鸾台的审议签署，怎么能算作正式的敕令！”太后勃然大怒，认为他抗拒朝廷的使者；庚午日，下令赐刘祎之于家中自尽。刘祎之刚被关进监狱时，唐睿宗曾为他上书申辩，亲友们都来祝贺他有皇帝出面营救，刘祎之却说：“这恰恰是加速我死亡的原因啊。”临刑前，他从容沐浴，神色镇定自若，亲自起草谢恩表，很快就写了好几张纸。麟台郎郭翰、太子文学周思均赞叹他的文笔精妙。太后听说后，将郭翰降职为巫州司法参军，周思均降职为播州司仓参军。
秋季七月壬辰日，魏玄同担任检校纳言。
岭南地区的俚族百姓过去只缴纳一半的赋税，交趾都护刘延佑强迫他们缴纳全额赋税，俚族百姓拒不服从，刘延佑就处死了他们的首领。首领的同党李思慎等人发动叛乱，攻破安南府城，杀死了刘延佑。桂州司马曹玄静率领军队讨伐李思慎等人，将他们斩首。
突厥首领骨笃禄、元珍进犯朔州；朝廷派遣燕然道大总管黑齿常之率军迎击，任命右鹰扬大将军李多祚为副将，在黄花堆大败突厥军队，追击逃敌四十多里，突厥军全部逃散到沙漠以北。李多祚世代担任靺鞨部落的酋长，凭借军功得以入朝担任禁军将领。黑齿常之每次得到朝廷的赏赐，都会全部分给手下将士；他有一匹好马被士兵损伤，下属请求鞭打那个士兵，黑齿常之说：“怎么能因为我私人的马而鞭打朝廷的官兵呢！”最终没有追究此事。
九月己卯日，虢州人杨初成谎称自己是郎将，伪造皇帝诏书在集市上招募人员，准备前往房州迎接庐陵王李显；事情败露后，杨初成被处死。
冬季十月庚子日，右监门卫中郎将爨宝璧与突厥骨笃禄、元珍交战，全军覆没，爨宝璧独自骑着轻骑逃回。
爨宝璧看到黑齿常之立下战功，便上表请求率军穷追残敌。太后下诏让他与黑齿常之商议，遥相呼应。爨宝璧想独占功劳，不等黑齿常之出兵，就率领一万三千名精兵率先出发，深入塞外两千多里，打算突袭突厥部落；抵达目的地后，他又事先派人告知突厥人，使得对方做好了严密防备，双方交战之后，爨宝璧的军队大败。太后下令处死爨宝璧；并将骨笃禄改名为不卒禄。
武承嗣又指使人诬告李孝逸自称“我的名字里有‘兔’字，兔子是月亮中的灵物，这说明我应当拥有天子的名分”。太后考虑到李孝逸曾立下战功，十一月戊寅日，下令免除他的死罪，削去官籍，流放到儋州，李孝逸最终死在流放地。
太后打算派遣韦待价率军攻打吐蕃，凤阁侍郎韦方质上奏，请求按照旧制派遣御史担任监军。太后说：“古代贤明的君主派遣将领出征，将京城之外的战事全权委托给将领。近来听说御史担任监军，军中无论大事小事都要向监军禀报请示。以下级牵制上级，这不是符合典章制度的做法；况且这样一来，又凭什么要求将领建立战功呢！”于是废除了监军制度。
这一年，全国发生严重饥荒，崤山以东、关内地区的灾情尤为严重。
垂拱四年，公元688年春季，正月甲子日，朝廷在神都洛阳建立唐高祖、唐太宗、唐高宗三座宗庙，一年四季的祭祀礼仪和西京长安的宗庙完全相同。又建立崇先庙，用来祭祀武氏家族的祖先。太后命令有关部门商议崇先庙的殿室数量，司礼博士周悰请求设立七间殿室，同时建议将唐朝皇室宗庙的殿室数量减少为五间。春官侍郎贾大隐上奏说：“按照礼制，天子的宗庙设七间殿室，诸侯设五间，这是历代帝王都不会改变的制度。如今周悰引用一些没有根据的议论，大加篡改经典记载，不过是想尊崇太后临朝称制的威仪，完全不遵守国家的常规制度。皇太后亲自承受先帝的临终嘱托，发扬光大宏伟的治国方略，崇先庙的殿室数量应当按照诸侯的标准设置为五间，皇室宗庙的殿室数量绝不应随意更改。”太后于是打消了改动宗庙殿室的念头。
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