进化论引发的“科玄”风暴愈演愈烈，保守派与宗教势力的联名上奏雪片般飞向军机处，要求朝廷“严旨申禁进化邪说，以正人心，息邪波”；科学派与开明士人则通过报刊、说帖，呼吁“尊重学理，勿以信仰干预学术自由”。
双方都试图争取朝廷，尤其是太上皇陈远 的最终裁决。
这场争端已超越了一般的思想争论，触及帝国意识形态的根基与社会稳定的红线，年迈的陈远深知，他必须做出一个既能平息眼前风波、又能为长远计的表态，其难度远超此前处理任何政争。
在仔细阅读了双方代表性的奏章、文章，并秘密征询了几位他信任的、见解相对超然的老臣、格致院宿儒 以及了解西洋情势的驻外使节的意见后，陈远对这场争论的性质与利害有了更清晰的判断。
他意识到，简单地支持或打压任何一方，都可能引发难以预料的后果：彻底压制科学派，会寒了“新政”以来培养的科技人才之心，阻碍格致发展，且可能招致国际批评，坐实朝廷“愚昧保守”之名；而公然支持进化论，则势必激怒庞大的保守势力与信教群体，可能导致社会失序、信仰崩塌，甚至动摇统治基础。
经过深思熟虑，陈远决定再次运用他娴熟的“平衡术”，但这次的对象是截然对立的世界观。
他并未立即公开下旨，而是通过一系列精心设计的、看似矛盾实则相互配合的举措，来传达其意图，引导事态发展。
第一步，是“降温”与“划界”。
陈远首先授意太子以皇帝名义，下发一道语气温和但立场明确的“口谕”，其要点如下：
1. 肯定“格致”与“实学”：重申朝廷“讲求格致，振兴实学”的国策不变，鼓励士人潜心研究自然之理，以利国计民生。
对格致院及各学堂的科学研究，朝廷继续支持。
2. 明确“学术讨论”与“公开传播”的界限：口谕指出，“泰西进化之说，乃彼国学者一家之言，学理深奥，证据未周，尚在争辩之中。”
因此，允许在格致院、大学堂及相关专门学会内部，作为“学术问题”进行“平心静气之研讨”，“以明真理”。
但严禁在面向公众的报刊、通俗读物、学堂通识课程中，大肆宣扬、鼓吹此说，更不得将其与 人伦纲常、天道性命 等根本大义牵强附会，以免淆乱视听，惑乱人心。”
这实际上将进化论的讨论限制在了专业学术圈 内，禁止其向大众特别是青少年学生广泛传播。
3. 申明“政教分离”与“信仰自由”原则：口谕强调，“朝廷于释 、 道、回、天 主 等 教，一 视 同 仁，只 要 不 干 预 政 事，不 煽 惑 愚 民，皆 予 保 护。各 教 教 义，与 格 致 之 学，各 有 其 域，不 宜 混 淆 ， 更 不 可 互 相 攻 讦。”
这既安抚了宗教界，也暗示科学不应越界去否定宗教信仰。
4. 要求各方“克己”：敦促争论双方“恪守学人本分，就学理论学理，不得诋毁人身，不得煽动舆情，不得以学术之名，行政争之实”。
违者，将依《报律》及学规章程处理。
第二步，是“象征性”的惩处与安抚。
为平息保守派尤其是教会的愤怒，朝廷以“言辞过激，淆乱视听”为由，对几家曾以极端语言攻击宗教、在通俗报刊上狂热鼓吹进化论“社会寓意”的报馆 和激进学者，处以罚款 和短期停刊/停职的轻微处罚。
同时，以“管理不力，致生事端”为由，申饬了格致院 及个别大学堂的负责人，要求其加强对院内学术讨论的管理，防止过度公开化。
另一方面，对教会方面要求“彻底查禁进化论书籍”的诉求，朝廷则以“学理讨论，未便一概禁绝”为由，予以婉拒。
但对教会学校内禁止讲授进化论的做法，则默许不予干涉。
同时，通过亲近官员向教会高层传递信息，表示朝廷尊重其信仰，希望其亦能理解朝廷“昌明学术”的苦衷，勿使事态扩大。
第三步，是“引导”与“转移”。
陈远授意格致院 和官方报刊，将公众的注意力从充满争议的进化论，引向那些争议较小、实用价值更明显、且更能展示“启明”科技成就的领域。
于是，《格致汇编》等刊物开始重点报道铁路新线建设、电报网络延伸、新式舰船下水、化工医药突破、农学新种推广 等方面的进展。
官方舆论大力宣扬“格致致用，富强之本”，塑造一种注重实用、团结奋进、避免无谓内耗 的科技发展氛围。
同时，鼓励学者将研究重点放在那些与国家建设、民生改善直接相关的应用科学和技术领域，如矿物勘探、作物改良、疾病防治、机械制造等，朝廷在经费和荣誉上予以倾斜。
这实际上是在用“胡萝卜”引导科学共同体避开“进化论”这类“雷区”，转向更“安全”且“有用”的研究方向。
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