“科玄”风波的余温，在皇帝陈远 那套“隔离”与“引导”的组合拳下，似乎渐渐散去。
表面的喧嚣平息了，报刊上关于进化论的激辩文章骤减，学堂里不再公开讲授，教会也暂时收回了最激烈的抗议。
然而，思想的潜流并未止息，朝廷也意识到，简单地“隔离”与“压制”并非长久之计。
在陈远的默许和太子陈弘绪的主持下，朝廷开始尝试构建一套更具建设性、也更符合“启明”长远利益的、处理信仰与科学关系的基本原则框架。
这套框架，可以概括为“信仰可自由，科学需鼓励”，其核心在于承认两者的不同价值与功能领域，并努力使其在“强国”的大目标下并行不悖，甚至互为补充。
首先，是对“信仰自由”原则的进一步明确与制度化。
“口谕”中提到的“政教分离”、“信仰自由”，在此后被更具体地落实：
1. 颁布《各教管理章程》：在理藩院（兼管宗教事务）主导下，颁布了更为详尽的宗教管理法规。
章程重申，朝廷对佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教（新教） 等“劝人为善”之教，只要“不违反国家律令，不干预地方词讼，不聚众滋事，不诋毁朝廷及他教”，皆予以保护，其合法宗教活动（礼拜、法会、布道等）不受干涉。
各教可在官府备案后，建立教堂、寺庙、道观，但需遵守建筑、治安等相关规定。禁止强迫他人信教或改教。
2. 规范传教活动：针对基督教（尤其是新教）传教士深入内地引发纠纷的问题，章程规定，传教士需在本地官府登记，其活动范围原则上限于通商口岸及指定区域，如需深入内地传教，需报请地方官批准。
严禁传教士干涉民间诉讼、包揽词讼、收购土地（用于建教堂除外）。
这既保护了传教自由，也将其纳入了法律监管，减少了民教冲突。
3. “官祭”与“民信”分离：朝廷继续主持祭天、祭孔、祭祀历代帝王等国家级“官祭”，将其作为国家礼仪和道统象征，与民间宗教信仰明确区分。
鼓励士人尊孔读经，但不再将其作为强制性的全民信仰，允许民众在私人领域有不同信仰选择。
这实际上降低了儒学的“国教”强制色彩，为其向更纯粹的学术与伦理体系转型预留了空间。
4. 利用宗教辅助治理：在蒙古、西藏、回部等边疆地区，继续尊崇和利用藏传佛教、伊斯兰教 来维系社会稳定，但通过驻藏大臣、盟旗制度等加强政治控制，防止宗教势力过度膨胀干预政务。
其次，是坚定不移地“鼓励科学”，并拓宽其发展路径。
朝廷在限制进化论等敏感理论公开传播的同时，对科学技术的整体鼓励和支持力度有增无减，且更注重策略：
1. 加大科研投入，设立“格致基金”：由户部拨款，并从海关盈余、皇贸公司利润中划出专款，设立“国家格致发展基金”，专门用于资助格致院 及各大学堂的科学研究、设备购置、学者津贴、以及优秀学生的留学奖学金。
基金申请需经过学术评议，重点向应用科学（工、农、医、矿）和基础数理 倾斜。
这为科研提供了更稳定的经费保障。
2. 完善专利与奖励制度：修订《专利鼓励法》，扩大保护范围，简化申请流程，严厉惩处侵权。
设立“启明科技大奖”，每年评选，对在科学技术领域做出突出贡献的个人和团队给予重奖（金银、爵位、官职），并在《京报》上广为宣传，树立“科技英雄”形象，改变“奇技淫巧”的传统偏见。
3. 推动“科学普及”与“实业教育”：在“禁止公开争论进化论”的同时，鼓励出版发行通俗科普读物、工艺技术图谱、农桑新法指南 等，将科学知识以“实用技能”、“博物常识”的形式向民间推广。
在各省广泛设立中等实业学堂、工艺传习所，培养中初级技术人才。
在小学堂课程中增加自然常识、简易算学 等内容，从小培养对科学的兴趣。
4. 加强国际科技合作：继续派遣留学生赴欧美学习科学技术，特别是工程、军事、医学等实用学科。
以更开放的态度聘请外国专家来华任教、担任技术顾问。
鼓励中国学者参加国际学术会议，订阅外文期刊。
在上海、广州等地，支持建立中外学者交流的“文理学会”。
5. 引导科学为“实业救国”服务：朝廷通过政策导向，将科学研究的重点明确指向与“富国强兵”直接相关的领域：船舶与军械（与海军建设对接）、铁路与电报（与交通通讯对接）、矿冶与化工（与工业基础对接）、农学与医学（与民生改善对接）。
格致院各所的研究课题，越来越多地来自各部（兵、工、户、农）的实际需求。
“信仰”与“科学”的并行之道：
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