朱品隆率军死守青阳县城，历时三十八天。江忠义所部、道员席宝田一军及李榕一军先后驰援，合力击溃敌军，斩杀贼兵上万人。敌军败退，全部撤往石埭、太平一带。
自从长江水道受阻以来，湖南、湖北依靠四川盐和广东盐供应，江西则依赖浙江盐，两淮盐区的销售区域全部丧失。如今长江航道恢复畅通，曾国藩便与熟悉盐务的委员杜文澜等人商议，决定先恢复江西地区的传统盐业销售区域，试行官方运输淮盐在江西销售。同时制定江西盐票章程，招募商人承办盐运事务。
本月，李鸿章分兵攻克江阴县城，左宗棠部收复富阳县城。左宗棠调刘典、王文瑞率军返回浙江，准备进攻杭州。唐训方奉旨统领皖北各军，刘蓉被任命为陕西巡抚。
九月初八日，易开俊在泾县击败敌军。
十二日，曾国藩紧急上奏，汇报朱品隆率军坚守青阳，援军大获全胜，成功解除城围，并请求对阵亡将领李殿华、许和山等十六名官兵予以抚恤，同时开列名单保举江忠义、李榕、朱品隆、席宝田等人。随奏附片报告蒙城方面军情渐趋稳定，有望解围；刘典已回浙江，徽州防务兵力薄弱；鲍超军抵达南陵，准备进攻东坝；江忠义等部分兵进剿石埭、太平一带敌军。只要能将皖南各股敌军彻底肃清，战局便可顺利推进。
十九日，曾国藩之弟曾国荃分兵攻克博望镇敌军堡垒，将其全部荡平。
二十二日，曾国藩上奏陈述京城粮仓急需米粮，表示将遵照户部决议认真筹划，并详细说明近年形势变化，认为不宜再拘泥旧例，计划对漕运和盐引两大政务采取变通办法。随奏附片请求将道员黄冕留在江苏、安徽，负责漕政和盐务管理。另附片奏报安徽、湖北军情。此时黄冕到安庆面见曾国藩，建议在安徽设立米盐互市机构，招揽湖南米商运米至安徽，再由安徽转运至上海，最终抵达天津；同时招揽两淮盐商运盐至安徽，与湖南米商进行交易。这是对盐政、漕运的变通方案，但后来未能实施。
二十四日，曾国藩之弟曾国荃率军攻克上方门、高桥门、土山、方山、七瓮桥等二十余处敌军堡垒。二十五日，又攻占中和桥敌垒。
二十七日，曾国藩紧急上奏，报告宁国、泾县驻防部队连战连捷，并请求对阵亡将士邓光武、雷国英予以抚恤。另上奏折，汇报已革总兵黄彬被参劾一案的审讯结果。
曾国藩的弟弟曾国荃攻克秣陵关的太平军据点，至此金陵（南京）西南、东南两面的交通要道已被切断，清军逐渐形成合围之势。
本月，朝廷颁下文宗皇帝（咸丰帝）御制诗文集。二十八日，曾国藩专折上奏谢恩。
石埭太平军将领古隆贤率部投降，清军收复石埭、太平两座城池。易开俊部收复旌德县城。彭玉麟率领水师攻克水阳、新河庄等地的太平军营垒。
二十九日，曾国藩的夫人欧阳氏携家眷抵达官署。
本月，捻军流窜侵扰湖北德安、蕲州、黄州一带，湖广总督官文调派成大吉、石清吉两军前往湖北增援剿匪。
十月初一，彭玉麟率领水师攻克沧溪、长乐镇的敌军堡垒。初二，清军收复高淳县城。
初三日，易开俊率军收复宁国县。
蒋凝学、成大吉部收复颍上县。
初六日，曾国藩之弟曾国荃率军攻破金陵城东五处敌军关卡及二十余座营垒，全部扫平。
初七日，鲍超会同水师攻克东坝。
十二日，曾国藩紧急上奏，报告金陵陆军接连攻克东南沿河八处险要，并收复秣陵关太平军据点，逐渐形成合围之势。另上奏折，汇报敌军归降，收复石埭、太平、旌德三城，请求授予降将古隆贤虚衔顶戴。附片奏报淮上军情：皖南水陆官军攻克东坝，占据这一要隘后，皖南有望肃清，金陵、苏州的进攻更有把握。又附片奏明石埭、太平、旌德、宁国四县先后失陷的经过。另上奏折，保举金陵一军连克城隘的有功人员，共六案，并附名单请求嘉奖。
鲍超率军攻克建平县，并收复溧水县，派遣营官宋国永招降广德州的太平军，但未能成功。
江忠义率军撤回江西饶州境内驻防。
十五日，曾国藩之弟曾国荃率领萧庆衍等部进驻孝陵卫，扼守要地。
僧格林沁率军抵达淮北，苗沛霖部众溃散败亡，蒙城之围解除，地方团练势力瓦解。唐训方收复淮南各城镇。
曾国藩审订湖北盐务章程，印发给经办官员，招募商人办理盐运事务。
二十七日，曾国藩紧急上奏，汇报水陆官军采取剿抚并施策略，接连收复水阳、东坝等要地，以及高淳、溧水、宁国、建平四县，现派鲍超驻守东坝，并调遣各军分守各城关隘。奏请授予归降的张胜录等三人虚衔顶戴。另附片奏报提督王明山因丁忧回籍。
同日，曾国藩又上密折陈述彭玉麟的战功，并保举金陵大营将领李臣典等四人，奏请补授提督、总兵等实缺。
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