皖南地区历经战乱，民生凋敝尤为严重。收复后，曾国藩立即派遣官员赈济贫民，每县筹措数千两白银，购买耕牛和种子分发给农民。百姓深受感动，流亡人口逐渐回归。
这个月，李鸿章收复苏州省城。曾国藩奉旨交吏部从优议功嘉奖。
李续宜在家中去世。
江忠浚调任四川布政使。
十一月初五日，金陵官军挖掘地道炸城，未能攻克。
十二日，曾国藩上奏折汇总报告李世忠所部接连攻破苗沛霖各圩寨，并协同攻克怀远县，奏请撤销其革职处分。另附片奏报金陵城东百余里内已全部肃清，太平军粮道已被切断。长淮一带的颍上、正阳、寿州、上蔡等地均已收复。又上折奏请保举肃清皖北战事中表现突出的水陆官兵，共四案，并附名单请求嘉奖。同时代水师提督杨岳斌上折，奏请准其回籍奉养双亲。另上折保举员外郎范泰亨、御史周学濬、知府陈濬、孙衣言、同知李鸿裔、知县邓瑶、涂宗瀛、黎庶昌、训导向师棣等九人，称赞他们学问品行端正，可堪任用。当日接到上谕：“兵部侍郎彭玉麟着加恩赏穿黄马褂，以示优奖，钦此。”这是采纳了曾国藩的奏请。
十三日，金陵城内的太平军出城袭击湘军营垒，曾国藩的弟弟曾国荃率军将其击退。十六日，太平军在城外修筑营垒，再次被湘军攻破。
太平军大举进犯建平、溧水二城，官军坚守将其击退。
曾国藩每日的功课安排：傍晚后，阅读诗赋古文，诵读经书和诸子着作一卷，时常研读《孟子》，并分四条记录心得：一是关于心性与天道的精要言论，二是关于廉洁节操的根本原则，三是关于立志高远的境界，四是关于反省自身、反求诸己的修身之道。
二十七日，曾国藩上奏折汇总报告水陆各军阵亡、受伤及在营病故的官兵，共计八百四十三人，并附名单请求抚恤。其中周万倬、曾正明二人，奏请入祀湖南昭忠祠。另上折奏报安徽巡抚李续宜病故，并抄录其临终遗书呈送御览，以表明其忠愤忧国的赤诚。附片奏报太平军首领李秀成从苏州逃脱后已进入金陵；官军两次攻城获胜，并已调派各军严密防守江西边境。又奏报第十七批忠义事迹采访结果。附片奏报定远县人陈鼎霈全家殉难，男女共七十六人，请求分别予以表彰和抚恤。
二十八日，曾国藩在安庆接见所属各县新入学的生员共七百余人。
本月，李鸿章率军攻克无锡县城，分兵进入浙江境内，接连收复平湖、嘉善、海盐等县。
十二月初二日，曾国藩主持修建多宝仓，用于储备粮食，并制定赈济发放的详细章程。
初十日，审核确定皖南地区开垦荒田的具体章程。
十二日，曾国藩紧急上奏，就近期接到的多道谕旨逐条回复。第一条，查明李世忠在寿州、下蔡与提督陈国瑞因争功而引发冲突的案件。第二条，查明蒋凝学收复正阳关时，其部下副将康锦文所率兵勇因开炮误伤友军的案件。第三条，太平军主力分兵驻扎梅渚，意图突破关隘西进，鲍超部全力扼守东坝，暂时无法继续进攻以配合金陵围城。第四条，周宽世部已调回安庆加强防守，毛有铭部移驻皖南作为机动部队，成大吉、石清吉两部现正前往湖北，或可调往陕西，具体由官文统筹安排。共四条内容。另上折奏报江西全境肃清、青阳解围等战事中表现突出的官兵，并附名单请求嘉奖。附片奏报：说明李世忠近期的动向和表现。
二十日，曾国藩上奏报告水师将领蔡国祥新造的小轮船完工，并亲自登船在江面试航。
二十七日，上折奏谢朝廷恩典，并汇报近期军情：太平军主力企图进犯江西，已紧急致函左宗棠、沈葆桢协同防守，确保长江上游安全；金陵城内的太平军仍负隅顽抗，短期内恐难迅速攻克。另上折保举攻克九洑洲、肃清江面的水师有功人员，附名单请奖。附片奏请为总兵喻吉三加提督衔并授予实职。又上折奏报审查周瑞、贾连城涉嫌勾结苗沛霖一案，查无实据，建议不予追究。
本月，江忠义（谥号诚恪）在军中病逝。唐训方因僧格林沁参劾，奉旨降职为按察使，乔松年补授安徽巡抚一职。
同治三年（甲子年），曾国藩五十四岁。
正月，曾国藩驻守安庆。
初六日，太平军从宁国县北上攻陷绩溪县。初九日，唐义训率军收复绩溪，并在歙县南部追击敌军，将其击溃。太平军败退至遂安、开化一带，有向江西流窜的趋势。
十二日，曾国藩上奏恢复淮南盐务的折子。奏折中称长江水路已经肃清，运输通道畅通无阻，楚西各岸盐务正着手整顿，但筹办过程中面临两大难题：一是邻省私盐长期渗透，积弊深重，难以立即禁止；二是各地厘卡设立过多，各军依赖其税收维持，无法全部裁撤。根据当前形势，参考旧制，唯有采取疏通销路、减轻成本、稳定盐价、杜绝私盐四项措施，切实推行，逐步实现税收与军饷的双重收益。附片奏报近期军情：金陵城内的太平军仍负隅顽抗，另有一股从宁国流窜至绩溪，意图突破徽州，进犯江西。又上折奏报审结贪腐营私的将弁张录等人，请旨革职并永不录用。
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