最后，朱常沅提到了那支较为特殊的部队。“另，前番为增援川南、云南，曾从京营旧军（非新军）及直隶各镇中，抽调约五千兵马，转战经年，亦甚劳苦。今川南、云南形势趋稳，可将此部调回南京。其一，论功行赏，激励将士；其二，” 他目光扫过李元胤，“此部历经西南战阵，多有经验，然编制、装备、战法，与南京新军迥异。可将其与留镇新军一部混编，或以之为基干，补入新兵，按照新军最新营制，彻底整编、训练，作为新军之补充与实战经验传承。此事，由兵部、新军都督府会同办理，务必妥善，使其尽快融入新军体系。”
这五千人是非新军系统的“客军”，将他们调回，与部分新军整合整训，既能吸收其战斗经验，又能将这支有一定战力的部队消化进中央直属的新军体系，增强中央直接掌控的武力。
万元吉、严起恒、李元胤听罢，皆感监国思虑周详，步步为营。褒奖、安抚、渗透、调动、整合，诸般手段并用，目标明确——逐步强化中枢对各地军权的引导与掌控，同时大力整训、扩充直属精锐新军。
“监国庙谟深远，臣等谨遵。” 万元吉代表三人表态，“如此，则前线（川、滇）得以整饬而固，后方（两广）得以安辑而实，中枢新军得以精炼而强。假以时日，朝廷可战之兵日增，号令渐趋一统，北伐中兴，根基乃固。”
“然此诸事，千头万绪，尤需谨慎。” 朱常沅最后叮嘱，“旨意措辞，务要推诚布公，体恤下情。选派人员，务求德才兼备，善于沟通。整军、调防，皆以稳妥为先，勿激变故。孤，不急于一时之功，但求稳步推进。”
不数日，一道道诏旨自南京发出：
嘉奖李定国，赐爵加衔，并谕将遣“新军教导总队”携员及新式军械章程，前往助其整顿营伍，协防川南。
褒奖沐天波忠勤，正式加其总督云贵军务衔，并令其核查整顿云南驻军，朝廷派员协助。
嘉奖于张月、封益等将援外之功，赏赉丰厚，令其各率本部“凯旋”回防广西、广东，专务本省戎政绥靖。
明诏调远征川南、云南的五千“客军”回南京“叙功行赏，并入新军整训”。
同时，兵部、新军都督府正式行文，开始从南京六万新军中遴选教导总队官兵，并着手制定详细的各地协调整训及新军内部整合扩编方案。
一道道旨意，如同一张精心编织的网，借着汉水大捷的权威，悄无声息却又目标明确地洒向南明控制的各个区域。中枢整合军事力量、强化自身权威的努力，进入了更具实质性的阶段。
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