南京的最后时刻，周青云组织大撤退。
周青云命令舰队和安庆机场的飞机集中所有火力，轰击追击的日军步兵集群，掩护岸上部队登船。
部署在幕府山和码头的12.7mm高射机枪组成密集火网，奋力抗击着前来轰炸的日军飞机，但仍有多艘运输船和护航军舰被击中，沉没在冰冷的江水中。
场面一度失控，一些部队争抢渡船，秩序大乱。周青云亲自坐镇下关码头，他的卫队手持花机关冲锋枪，组成了警戒线。
一名中将师长试图强行带领亲信登上一艘准备运送伤兵的船，周边的人看到他的军衔高不敢阻拦，这时被附近周青云赶过来当场喝止。
周青云一看，是88 师师长孙元良。南京保卫战期间，88 师负责防守雨花台，雨花台阵地被突破后他无视周青云的命令带头脱离部队逃跑，情节极其恶劣。
教导总队总队长桂永清、参谋长邱清泉也想临阵脱逃，但被63军军长向子毅阻击，周青云允许桂永清、邱清泉先撤退，但必须组织部队一起走，孤身逃跑一律严明军法；随后，117师师长田阁毅在周青云要求下后撤，掩护教导总队先撤；之后，117师在大量地雷和安庆机场空军掩护下顺利撤退。
之前周青云想找到孙元良进行严惩，但他跑的太快没找到，没想他这么快跑到下关来了。
“孙师长，你的部队在何处？”周青云厉声质问。
“部队……打散了……”孙元良面色惨白。
“临阵脱逃，弃部队于不顾，按律当斩！”周青云眼中寒光一闪，毫不犹豫地拔出手枪，“砰”的一声枪响，孙元良应声倒地。
码头上瞬间鸦雀无声。
“再有违抗撤退序列，争抢渡船者，无论军衔，格杀勿论！”周青云冰冷的声音回荡在江边，迅速稳定了秩序。
孙元良的死震撼了其他部队，尤其桂永清、邱清泉等人；南京卫戍司令部副司令长官罗卓英、刘兴，参谋长周斓等人也没想到周青云敢众目睽睽之下亲自枪毙一个中央军的中将师长。
随后，周青云让罗卓英、刘兴、周斓等人如实向武汉的蒋某人汇报他将孙元良明正法典。
桂永清、邱清泉等人听到周青云的狠辣，于是老实组织部队有序渡江。
随后几天，周青云带着洞庭湖分舰队的2个团陆战队守在下关码头维护秩序，先后击毙2名少将旅长、5名上校团长，至于强行强渡或带头扰乱军心的上校以下军官达20余名，并把尸体挂在码头以示警告。
有名团长只带了4人过江，说是部队打散了，他不是逃兵、也没有扔下部队逃跑，但是之前周青云规定“凡中校以上军官，独身或只带几个卫士过江的，一律枪毙”。
尽管当时很多人求情说对方在淞沪会战打仗很勇敢，请周青云网开一面；但周青云知道此时非常时刻，为了严明军纪顺利撤退，只能一刀切以免有人后面钻空子，于是周青云还是将这个团长枪毙，但是让他的4个手下带着尸体走了、没有曝尸。
大部分部队得以撤出后，周青云命令炮兵将无法带走的火炮和剩余炮弹全部炸毁，震天动地的爆炸声是留给日军最后的“礼物”。
他的嫡系部队，第六十三军和第六十七军的一个团，且战且退，逐步向码头收缩。
最后阶段，周青云将库存的步枪、子弹和手榴弹分发给不愿离开南京的青壮年，“南京就交给你们了，”他对那些眼神复杂的人群说，“是玉石俱焚，还是潜伏待机，你们自己抉择。”
这是他能为这座城做的最后一点事。他无法改变城市即将陷落的命运，但他希望，这些散落民间的武器，能在未来的黑暗岁月里，点燃零星的反抗之火。
周青云命令部队，在市区的街道设置层层阻击阵地。
“告诉各连，充分利用街垒和建筑，逐屋争夺，但要掌握节奏，不要死守一点。”
他转身对工兵主任说：“地雷布设得怎么样了？”
“司令放心，主要街道都布了反坦克雷，小巷子里全是步兵雷。够小鬼子喝一壶的。”
果然，上午十时，日军第六师团一个中队沿着路推进时，领头的一辆坦克触发了反坦克地雷，巨大的爆炸将坦克炸翻。
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