林羽和清瑶在灵云山脉闭关三月后，决定前往修仙界三大圣地之一的太虚宗。传说宗内藏有能沟通天地的太虚镜，或许能解开他们体内残留的星辰与灵植本源融合之谜。
山门处的云雾突然翻涌，十二根盘龙柱轰然亮起，将两人笼罩在七彩霞光中。“何人擅闯太虚禁地？”威严的声音从云端传来，一位身着星辰道袍的老者手持拂尘显现。清瑶刚要解释，体内雷光印记突然与老者腰间的太虚令产生共鸣，在虚空中映出灵云山脉的封印画面。
“原来是星辰守护者的传人。”老者动容地收起禁制，“随我来，宗主要见你们。”穿过层层云雾，太虚宗的浮空岛屿群如星斗般罗列，中央主峰顶端悬浮着半透明的太虚镜，镜面流转着周天星象。
宗主竟是一位身着绿萝长裙的女子，她指尖轻点太虚镜，镜中浮现出三百年前林羽与魔神同归于尽的画面：“你们可知，每次星辰封印重启，都会损耗天地本源？”清瑶惊觉体内灵植本源竟与镜中圣女的生命力产生共振，“难道我们……”
话音未落，太虚镜突然出现裂痕，无数黑气从中渗出。宗主脸色大变：“黑暗侵蚀已渗透到本源层面，你们必须立刻前往太虚秘境，寻找能净化本源的‘鸿蒙青莲’。”她抛出两枚玉符，“这是进入秘境的钥匙，记住，秘境中的时间流速是外界的十倍。”
林羽和清瑶刚接过玉符，太虚宗突然剧烈震动，十二根盘龙柱竟有三根断裂。宗主喷出一口鲜血：“快走！黑暗势力的先锋已经杀来了！”
太虚秘境的入口在宗主的全力催动下开启，林羽和清瑶被卷入时空漩涡。当他们落地时，发现自己置身于一片悬浮的石林中，每块石头都刻满了晦涩的符文。清瑶的灵植本源突然躁动，指引她走向石林深处的一片发光苔藓。
“小心！”林羽突然将清瑶扑倒，一道寒光擦着她的耳边划过。攻击来自一群半透明的灵体，他们手持由雾气凝结的武器，眼中闪烁着幽冥之火。清瑶发现这些灵体竟是太虚宗历代弟子的残魂，被黑暗力量侵蚀后成为守墓人。
“用雷光净化他们！”林羽将星辰灵力注入苔藓，整片石林突然亮如白昼。残魂在光芒中发出凄厉哀嚎，逐渐显露出生前的模样。一位白发长老的残魂飘到他们面前：“三百年前，我为守护鸿蒙青莲遭背叛……”话音未落，他的残魂突然被吸入石林深处的黑洞。
两人顺着黑洞进入地底空间，眼前竟是一座由灵脉交织而成的水晶迷宫。清瑶的灵植本源与迷宫中的青莲藤蔓产生共鸣，指引他们避开致命的空间裂隙。当他们终于抵达迷宫中心时，却发现鸿蒙青莲已被黑暗力量污染，花瓣上布满了腐败的黑斑。
“必须用星辰之力净化它。”林羽运转《太虚周天诀》，星辰灵力在掌心凝聚成净化漩涡。清瑶则用灵植共生术安抚青莲的灵智，将雷光果的能量注入花茎。在两股力量的共同作用下，青莲突然绽放出纯净的光芒，将整个空间净化为虚无。
当林羽和清瑶再次睁开眼时，发现自己回到了太虚宗。此时宗门已被黑暗力量笼罩，宗主正与三位黑袍人苦战。林羽将净化后的鸿蒙青莲抛向太虚镜，镜中突然浮现出天地本源的全貌——原来每次封印重启，都是将黑暗力量压缩进新的轮回，而非彻底消灭。
“我们需要打破这个循环。”清瑶将灵植本源与青莲融合，林羽则用星辰之力重塑太虚镜的封印阵图。在两道光芒交汇的瞬间，太虚镜爆发出毁天灭地的能量，将黑暗力量彻底分解为纯净的天地灵气。
战后，宗主望着恢复清明的太虚镜，将宗门典籍《太虚本源录》赠予两人：“星辰与灵植的共生之道，或许能创造新的修仙体系。”林羽翻开典籍，发现其中记载着与他们经历完全吻合的预言：“当星辰守护者与灵植圣女重聚，将开启鸿蒙新纪元。”
两人相视一笑，决定继续云游四海，将共生之道传播给更多修士。而在他们离开后，太虚镜突然显现出新的预言：“新纪元的种子已经埋下，真正的考验，将在千年后到来……”
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