衙司便相当于行省的“尚书省”。
此外，行省还设自己的御史台，“行中书省监察司”，负责审核监察公事、文牍里的错漏过失，弹纠行省官僚，一把手挂六品侍御史宪衔；
司法机构方面，行省便有独立的“刑狱司”，主事者挂大理寺少卿官衔，负责整个淮海行中书省的推鞠事务；
财政方面，行省则是单独的“巡院司”，共设四司，均直属于行省中书侍郎，“淮海发运司”管漕运、海贸，“淮海泉宝司”管矿冶、铸币，“淮海经界司”管理籍田、定税，“淮海巡检司”管缉私、营田、征赋、禁榷等。
当然淮海行中书省还有军事机构，按照郑絪的说法，那便是“武毅军宣抚司”，其中设都知宣抚兵马使一位，副兵马使两位，负责统军征伐事，又设宣抚行军左右司马，负责驻屯、操练、掌印、钱粮事；而镇戍军则由“镇戍司”所统，设镇戍使一人，副使一人，掌印行军司马一人。而原本高岳幕府三衙诸司诸色人，全部并入到宣抚司和镇戍司机构当中。
“行中书省制，军政事务由中书侍郎平章事与佐貮参知政事圆议，而后由衙司和其他各司施行，剑南、淮南等大镇设行中书省中书侍郎，稍次的镇则为行中书省门下侍郎，再次则为行中书省参知政事，天下行中书省由此分为三等，不知陛下认为稳便否？”叙述完毕后，郑絪就问皇帝，到底稳不稳，便不便。
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