最早这八旗旗主都是由努尔哈赤和他的儿子或侄子担任，要知道八旗是一个集合了人口、军事力量和财产的一种共同体，在早期，皇帝虽然是最高领袖和统帅，但实行的是分封制，把八旗人口按牛录封赏给皇子和宗室王公，附着在人口上的土地、财产，都成为这些皇子和宗室王公的私人财产产或私人附属。
其实，八旗的旗主设置比大明朝的封王制度要先进了许多。
大清政治有一个显着的特点，即八旗制度。它包括了政治、军事、社会等诸多方面，因此要想了解清代的体制，就不得不提八旗。为了让更多读者了解八旗制度，下面就说说八旗制度的优势。
第一，八旗的产生和领主分封制相对于历代封王制度的先进之处
大清的八旗，是在军事战争中产生和发展起来的，具体说来，是为了适应征战、兼并而组成的集军事、行政、生产职能为一体的组织。其中主要还是军事职能，再有就是对旗人的行政管理。
入关前，旗兵是没有兵饷的，生产方面主要是狩猎、采集，也有一些农业，经济来源是以出兵掠夺财物作为主要手段。后金政权进入辽沈以后，占领了大量土地，出现了所谓的“计丁授田”，这也成为八旗的主要生产职能，但这一职能在入关后基本消失了。
满洲八旗在军事兼并的过程中，征服了大批属人，这些属人都编为牛录（佐领），分给本家族身份比较高、有战功的人，身份高者领有整旗或半旗，这就是所谓的八旗领主分封制。
帮助努尔哈赤打天下的异姓功臣，要给他们相应的酬劳，也分封他们牛录属人。另外，带领部众投附者，也编为牛录，仍令其统领。这两种形式属于异姓分封。不过异姓分封领主及其牛录又统辖于爱新觉罗家族的领导之下，比如异姓五大臣之一的额亦都，他所分的佐领，一开始是在镶白旗，是在阿济格这个领主之下，后来又将其子孙改到镶黄旗，到了皇帝所领的旗下。
异姓功臣分在某旗的旗主之下，也就没了独立性，所以这些人就具有双重身份，从他所领佐领来说，他是主子，下面有属人，但是他上面还有主子，所以他既有奴才的身份又有主子的身份。
八旗的领主分封制与典型的西周、蒙元的分封有所不同，其特殊之处可以用四个字来概括，就是“封而不建”。所谓“封而不建”，是指只分封给属民使其成为领主（旗主），而不建立邦国，领主（旗主）并非国君，所有领主（旗主）都聚居在京城，集中控制。
八旗各佐领下人，由中央统一调动，一有战事，就直接抽选，临时组成军队。西周的分封，各领主被分封到全国各地建国，蒙古人也是这样，成吉思汗的家族，征服了欧亚大陆，分封了一些汗国，东亚地区建立的元王朝实际上只是王国之一。
即使在元朝灭亡后，蒙古人被明朝赶到了长城以北，其分封依然遍布大漠南北，各个地方都有领主独立的部落。这与满族的分封很不一样，这也是努尔哈赤的高明之处。这样避免了本民族军队的分散和政治上的分裂，可以集中兵力来兼并、征服所要征服的地方。
最初，努尔哈赤的军队比当时蒙古的察哈尔兵力弱得多，但是因为蒙古人是分散的分封，内部又出现矛盾、分裂，有些部落归附了满族政权，满族的八旗最终打败了察哈尔等分散的蒙古部落。八旗这种特殊的领主分封制，也正是满族在入关以前能够统一东北，征服蒙古，建立后金政权的一个非常重要的因素。
第二，八旗一个旗主同时控制满洲、蒙古、汉军八旗。
努尔哈赤时期建立了八旗，旗在满语中称为“固山”。当时的八旗主要由女真人组成，也有蒙古人和汉人。八个旗，一个旗或一个领主，或有两个、多个领主，每个旗以一个领主作为旗主，一个旗，领主可以有多个，但是旗主只有一个，所以旗主和领主并不是同义词。领主是所有牛录的首领，一个旗里也许只有一个，也许有几个。旗主是管理整个旗旗务的，所以旗主拥有领主兼总管旗务之职官的双重身份。
八旗各旗下的牛录数量也不相同，有的旗较大，牛录就比较多，有的旗牛录较少。努尔哈赤时期，他所领的两黄旗人数就多，他弟弟舒尔哈齐领的旗人也比较多，而努尔哈赤的儿子们领的旗，人数就比较少了。
我们在很多书籍上只要一提及建立八旗的时候，常常说一个旗下有五甲喇，一甲喇下有五牛录，一牛录有多少人，好像人数是平均的，一个固山下面永远是二十五个牛录，也就是七千五百人。
其实，这是一种原则上的设计，并没有反映当时的实际情况，多的旗主甚至可以拥有六十个牛录，谁会反对自己的人马变多呢。
努尔哈赤奠定了分封制，皇太极时期则是分封制的扩大实行。因为皇太极时期又扩建了两种固山，一种是蒙古组编的八个固山即蒙古八旗，一种是汉人组编的八个固山即汉军八旗。原来的八旗就称为满洲八旗。
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