新编的蒙古固山、汉军固山的旗人，有一部分就是在原来的满洲八旗之下，这些人被抽出另外组成固山。蒙古八旗是在皇太极继汗位之后的第九年，也就是天聪九年设立的。以前所谓的蒙古左营、右营，就是指在满洲旗下的蒙古人组编的军营。
汉军八旗在天聪时期建立的一个旗，到皇太极的崇德元年又建立了两旗，崇德四年扩大为四旗，崇德七年，建立了汉军八旗。虽然从习惯上来说，都将满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗理解为各自独立的单位。
其实上却并非如此，同一色旗的领主或旗主，实际上领有满洲、蒙古、汉军三个军旗。
这话的意思是，旗主永远只有八位，但是因为每个旗主下面拥有满洲八旗，蒙古八旗、汉军八旗，也就是说有三个固山额真，所以八旗就有二十四个八旗固山额真（也就是后来的都统），八旗有二十四个固山编制就是来源于此。
比如说，努尔哈赤的幼子多铎，在崇德年间领正白旗，有一次他犯罪了，要剥夺他的一些佐领，结果就把他正白旗下的满族固山下的满洲佐领，蒙古固山下的蒙古佐领和汉军固山下的汉军佐领，都抽出一部分，不再归其统辖。
所以，入关后八旗旗主王公的再分封，所分封的佐领，仍是满洲、蒙古、汉军三个固山佐领下的旗人。这些旗人，都是领主的奴才，有主奴关系。另外就是行政、利益分配、军事部署，在很多情况下是个整个旗（包括三个固山）为一个大单位的。
旗主是管一色旗旗主的领主，每旗一人，也中叫固山贝勒。皇太极称帝后，宗室贝勒分为王公等爵，以前的旗主贝勒都封和硕亲王，所以崇德年间凡封和硕亲王的，都是旗主，不是旗主也不够封和硕亲王的资格。
当时有睿亲王多尔衮、礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗、成亲王岳托、豫亲王多铎、肃亲王豪格，因为当时两黄旗是由皇太极亲自领旗，所有只有其他六个旗才有亲王旗主。
一个旗如果有两个或更多的领主，以谁为旗主，这在当时也是有原则的，即以长幼为序，兄长为旗主。比如镶白旗两个领主是多尔衮和阿济格，因为阿济格是哥哥，因此以阿济格为旗主，后来阿济格犯罪被革除，才由多尔衮当旗主。
再如正蓝旗旗主是莽古尔泰，他死了以后，再由德格类继任旗主。镶红旗也是这样，由代善的嫡长子岳托任旗主。需要注意的是，任旗主的都是嫡出，庶出的是无法担任旗主的。
第三，八旗的领主和旗主是不一样的，
领主领本旗佐领下属人，形成主属关系，这种主属关系不是一般官僚机构中的上下级关系。主就是主子，属就是奴才，属人对领主具有人生隶属性。属人有两种，一种叫“阿哈”，是纯粹的家内奴隶，是包衣佐领下人。另一种叫“诸申”，入关以后称为“哈哴阿”，是旗分佐领下人，这两种人与领佐领的领主，都有主奴关系，只是在隶属的程度上不一样。
阿哈服役于主子的家内，国家没有权力役使他们。而诸申是旗分佐领下人，是隶属国家的，被分封以后又属于领主之下的属民，对领主有私属性，所以就兼具隶属于国家、领主这两种隶属关系。
领主分封制下的八旗，虽然集中于后金政权之下，另一方面，每一个旗又是一个相对独立的政治单位，旗下官员都有本旗人的担任，一般情况下不能把别的旗的人调入当官，同色旗下的不同固山之间倒是可以担任，如正白旗满洲固山可以在正白旗蒙古固山任固山额真（即后来的都统）。
所以，在入关前和入关初，一看到某个人任某旗的旗官，就可以判定出他的旗籍，明确了他的旗籍，又可以判断出他的主人是谁，与谁有主属关系。至于本旗人任本旗官的制度原则，直到康熙三十六年才改变，都统、副都统可以越旗担任了。
正因为每个旗都是相对独立的政治单位，清初政权又是由八旗联合共同组成，所以清初的国家大政，必须八旗领主联合决议，缺一不可。因为八旗有共同性事务，八旗共同组织的后金和清政权，有集中性的国家大事，必须联合议决。所以，当时的旗主、领主都具有当然的议政权，称为“入八分”。
在八旗组成的一个政权中，每一个旗占八分之一，在共同议政的时候，就应该入八分。当时任议政者，除了旗主、领主还有每个旗的最高行政长官——固山额真，每旗一人。崇德年间扩大任命一些议政大臣，也是各旗平分，仍是占八分之一。
八旗领主分封之下的“八分”政治体制还体现在财政方面。每个旗是一个经济实体，与明朝边民贸易，是以旗作为各自独立单位进行的。另外还有财物入八旗“八家均分”之说。如果打仗得到了战利品，如抢掠大量的金银财宝、牲畜和人口，战后八家均分，占据了大量土地之后，亦八家均分。
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